6 июня 1995г. в соответствии с ГК РФ и Распоряжением Правительства Российской Федерации № 862 – р было учреждено Открытое акционерное общество Акционерная Компания «Железные дороги Якутии» с целью реализовать проект строительства железнодорожной линии «Беркакит–Томмот–Якутск», которая должна соединить столицу республики Саха (Якутия) с Байкало-Амурской магистралью. Сегодня ОАО АК «Железные дороги Якутии» является федеральной инфраструктурной железнодорожной компанией общего пользования, со стоимостью основных фондов свыше 22 млрд. рублей, имеющей все необходимые службы по поддержанию должного уровня безопасности движения, включая службу пути, службу движения локомотивного хозяйства, связи, пассажирскую службу, ревизорский аппарат и т.д. Компания имеет собственный эксплуатационный парк магистральных и маневровых тепловозов, локомотивное депо по станции Алдан, в котором выполняются техническое обслуживание и ремонт тепловозов в объеме ТО-2, ТО-3, снегоочистительную и снегоуборочную технику, грузовые дворы и контейнерные площадки по станциям Алдан и Томмот, оснащенные грузоподъемными механизмами и складскими площадями.
Компания является собственником железнодорожной линии Беркакит–Томмот и осуществляет эксплуатацию железнодорожного участка «Нерюнгри-грузовая–Алдан–Томмот» (360 км), выполняя грузовые и пассажирские перевозки. 14 станций и разъездов включены в прямое сообщение с общей сетью ОАО "РЖД". Из них станции «Нерюнгри-грузовая», «Чульман», «Алдан», «Куранах», «Томмот» и разъезды «Тенистый», «Чульбасc», «Денисовский» осуществляют грузовые и коммерческие операции.
В августе 2004 года участок «Нерюнгри-грузовая–Томмот» был сдан во временную эксплуатацию с открытием пассажирского движения. Это сделало железнодорожный транспорт более доступным для населения республики. Сегодня ежедневно курсирует пассажирский поезд в местном сообщении «Томмот–Нерюнгри-пассажирская», курсируют прицепные вагоны в направлении «Томмот–Хабаровск», «Томмот–Благовещенск», «Томмот–Москва». Открыто почтово-багажное сообщение в направлении «Томмот–Благовещенск».
Для осуществления своей деятельности компанией получены все виды лицензий.
